There were at ________ (little) three thousand apple tr...

根据句子的意思，可以推测‘至少’是最合适的填充词。‘There were at least three thousand apple trees’意味着‘山上至少有三千棵苹果树’。在英语中，‘at least’表示最少、至少，符合语境要求。‘Little’是形容词，但在这里不符合语法结构，应该使用副词短语‘at least’来表达最小数量。